Freeman se casó con Jeanette Adair Bradshaw desde el 22 de octubre de 1967, hasta el 18 de noviembre de 1979, y posteriormente se casó con Myrna Colley-Lee el 16 de junio de 1984. La pareja se separó en diciembre de 2007 y se divorció el 15 de septiembre de 2010. Freeman tiene cuatro hijos: Alfonso, Deena, Morgana y Saifoulaye. Freeman y Colley-Lee adoptaron a la nietastra de Freeman de su primer matrimonio, E'dena Hines, y la criaron juntas.El 16 de agosto de 2015, Hines, de 33 años, fue asesinada en la ciudad de Nueva York.Freeman reside en Charleston, Mississippi, y mantiene un hogar en la ciudad de Nueva York. Se ganó una licencia de piloto privado a la edad de 65 años y posee o ha poseído al menos tres aeronaves privadas, incluyendo una Cessna Citation 501, un Cessna 414 bimotor, y un Emivest SJ30.Cuando se le preguntó si creía en Dios, Freeman dijo: "Es una pregunta difícil porque, como dije al principio, creo que inventamos a Dios. Así que si creo en Dios, y lo hago, es porque creo que soy Dios." Freeman dijo más tarde que su experiencia trabajando en La historia de Dios con Morgan Freeman no cambió sus puntos de vista sobre la religión.En la noche del 3 de agosto de 2008, Freeman se lesionó en un accidente de automóvil cuando su Nissan Maxima 1997 estuvo involucrado en un rollover cerca de Ruleville, Mississippi. Él y su pasajero, Demaris Meyer, tuvieron que ser cortados del vehículo con herramientas hidráulicas. Freeman estaba consciente después del accidente y bromeó con un fotógrafo en la escena. Su hombro, brazo y codo izquierdo habían sido rotos en el accidente, y fue operado el 5 de agosto.Los médicos le operaron durante cuatro horas para reparar el daño nervioso en el hombro y brazo.Su publicista anunció que se esperaba que él hiciera una recuperación completa.Aunque el alcohol no se consideraba un factor en el accidente, Meyer demandó a Freeman por negligencia, alegando que había estado consumiendo alcohol, pero el caso fue resuelto por una cantidad no revelada.Desde el incidente, Freeman sufre de fibromialgia.En diciembre de 2010, Freeman se unió al presidente Bill Clinton, presidente de la Federación de Fútbol de los Estados Unidos Sunil Gulati, y al futbolista Landon Donovan en Zurich para una presentación para licitar por los derechos de acogida de los EE.UU. para la Copa Mundial de la FIFA 2022. En respuesta, Freeman emitió una declaración: "Cualquiera que me conozca o haya trabajado conmigo sabe que no soy alguien que intencionalmente ofenda o a sabiendas haga que nadie se sienta incómodo. Me disculpo con cualquiera que se sentía incómodo o irrespetuoso—esa nunca fue mi intención". El portavoz de Lori McCreary, socio de negocios de Freeman, no respondió a la petición de CNN de comentarios. Varios periodistas hablaron en respuesta a la historia, incluyendo Tyra Martin que dijo: "Yo no, nunca fue [una víctima]. CNN totalmente malinterpretó el vídeo y tomó mis comentarios fuera de contexto. El 8 de diciembre de 2020, La Opinión informó en un blog en español de 2018 que alegaba que CNN inventó su informe sobre Freeman.